Sydney logra memorizar junto con su homóloga, la espía rusa Ann, un código que posee una antigüedad de 500 años. El código completo revela una localización geográfica que le lleva a una iglesia en Málaga donde Ann y Sydney coincidieron hace mucho tiempo como rivales. Por su condición de doble agente, Sydney se ve envuelta en una nueva peligrosa misión ya que debe proporcionarle el código secreto al SD-6.
Dixon y Sydney viajan a Casablanca para investigar el complot que pretende eliminar la Organización de Comercio Unido (OCU). Allí la agente se hace pasar por una turista canadiense de habla francesa.
Más tarde, ambos agentes viajan a Sao Paolo, ciudad en la que se celebra una conferencia de la OCU y que tiene como invitado de honor al Premio Nobel de la Paz, Dhiren Patel. En Brasil, Sydney tendrá que evitar la explosión de una pequeña bomba que el Nobel tiene instalada en su marcapasos.

Sydney viaja a Oxford para hacerse con un antiguo reloj, conectado al invento de Rambaldi y su misión resulta ser un éxito. Después de su último viaje, la joven descubre que el SD-6 ha contratado a un agente que la sigue de cerca. Sloane asegura a Sydney que se trata de un procedimiento rutinario, pero Jack informa a su hija que el SD-6 sospecha que hay un topo dentro de la agencia.
Jack insiste en que Sydney pida ayuda al agente Vaughn para que éste le enseñe las técnicas a seguir para salir airosa de un sofisticado detector de mentiras.
Poco después, Sloane comunica a Sydney los detalles de su próxima operación: viajar a la ciudad italiana de Positano para que reparen el misterioso reloj.

Un nuevo grupo de espías consigue introducirse en el SD-6, saltándose los sistemas de seguridad, y gracias al armamento que poseen se hacen con el control del edificio. Cuando Sydney entra en el SD-6 se encuentra con Jacks en el ascensor, quien aprovecha la situación para advertir a Sydney de que Sloane está planeando matarla si en algún momento intenta huir de la organización. Mientras mantienen esta conversación, el ascensor se detiene bruscamente. Cuando escuchan las alarmas en todo el edificio se dan cuenta de que esto sólo puede significar una cosa: alguien ha irrumpido en el edificio.
Sydney y Jack consiguen escapar del ascensor y cuando llegan al sótano del edificio descubren que los intrusos han capturado a un importante número de rehenes. Entre ellos se encuentra Sloane.
Artista invitado: Quentin Tarantino

En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi.
Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR.
Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.
Artista invitado: Roger Moore y Amy Irving

Para tratar de capturar a Khasinau y estar más cerca de encontrar a su madre, Sydney y Vaughn deciden llevar a cabo la venta clandestina de un artefacto de Rambaldi con el representante de Khasinau, el Sr. Sark.
Sloane está obligado a tomar una difícil decisión, cuando su mujer, enferma terminal, le cuenta a Sydney lo que sabe sobre el SD-6.
Artista invitado: Amy Irving