Una misteriosa llamada pone a Mulder en la pista de una serie de desapariciones en una base aérea en Idaho. El misterioso informante le da el nombre de 'Garganta profunda'.

La llamada era de la mujer de un piloto de la Base Aérea de Ellens que desapareció y que luego fue encontrado en estado de shock, con la memoria borrada... Mulder investiga, pero al poco tiempo le sucede lo mismo que al piloto.

Oficiales de una misteriosa agencia gubernamental preguntan a Mulder y Scully entorno a dos cadáveres masculinos recientemente descubiertos. Aparentemente las víctimas murieron porque sus gargantas fueron estrujadas desde el interior del cuerpo. Mulder no cree que el caso esté relacionado con un expediente X, achaca las muertes a la psicoquinesis, la habilidad de utilizar el poder psíquico para manipular la materia.

Sin la ayuda de los oficiales del gobierno, Mulder y Scully comienzan una investigación y consiguen seguir el rastro de las muertes hasta Filadelfia. La policía local les muestra la escena del crimen. Los agentes descubren una cámara de seguridad de un banco cercano que posiblemente grabó todo el suceso.

Una de las primeras sospechosas será Lauren Kyte. Cuando Fox y Dana le interrogan, ésta afirma que los dos hombres asesinados trataron de robarle el monedero pero que pudo escapar. Los agentes abandonan la casa de la mujer y se introducen en el coche, pero el aparato comienza a acelerar descontrolado haciendo que los dos agentes choquen contra otro vehículo. Aunque no han sufrido daños Mulder cree que Lauren ha provocado el accidente.


Haciendo guardia frente a la casa de la mujer, Mulder fotografía accidentalmente una extraña imagen en una ventana. Más tarde y gracias a la tecnología, descubre que se trata del fallecido jefe de Lauren, Howard Graves. Mulder y Scully conocerán la asombrosa y extraordinaria verdad sobre el caso a manos de Lauren.

Garganta profunda informa a Mulder de la presunta caída de un OVNI. El agente se dirige al lugar del siniestro desafiando a sus jefes, y cae en manos del ejército. Los militares han organizado una compleja operación de cobertura para proteger el emplazamiento. Un misterioso ser es a la vez presa y cazador en la zona, y Mulder y un extravagante individuo intentarán encontrarlo.

Una serie de asesinatos con aparente motivación sexual conduce a los agentes Mulder y Scully a visitar una secta aislacionista en la zona rural de Massachusetts. La comunidad religiosa es conocida por su ferviente creencia cristiana. El asesino era miembro de la comunidad y parece poseer el extraño poder de cambiar de sexo. El hermano Andrew le confiesa a Scully que en su opinión las muertes han sido obra del hermano Martin. Los dos agentes serán capaces de dar con el asesino y tratarán de arrestarle, pero los miembros de la secta aparecen de improviso y se lo llevan. Cuando regresan a la comunidad religiosa, todos los hermanos de la secta han desaparecido.

Scully muestra a su compañero una cinta en la que el Revendo Hartley y su hijo adoptivo de 18 años Samuel ofician una misa para la comunidad de los Milagros. En el vídeo se ve como el joven posa su mano sobre una mujer enferma. Scully explica más tarde que la mujer tuvo que ser hospitalizada de urgencia donde poco después murió.

Los agentes del FBI se trasladan a un pequeño pueblecito de Tennessee donde surgió la congregación del pastor Hartley y sus seguidores. Allí conocen al sheriff Daniels, quien les explica que en su opinión Samuel posee el 'Toque de la muerte'.

Michelle será el centro de otro enigma. El detective Barbala se suicida sorprendentemente mientras estaba acompañado por la niña y después un agente de seguros morirá también cuando al bajar de un autobús su bufanda queda atrapada en la puerta. La niña estaba curiosamente en el autobús.

Los agentes descubren que esta niña puede ser la reencarnación de Charlie Morris, un agente asesinado hace nueve años y que ahora se está vengando de todos aquellos que estuvieron relacionados con esta muerte.