Durante un tiroteo en un laboratorio secreto del gobierno, el agente Jake de la Agencia de Seguridad Nacional Jake Foley es inyectado con nanitos, lo que le da unos poderes sobrehumanos. Cuando Sarah Heywood es secuestrada por unos terroristas del IRA para obligar a Jack a entregarles los nanitos, éste tendrá que poner en práctica sus recién adquiridas habilidades para salvarla.

La NSA asigna a Jake la vigilancia de Theresa, la hija de un importante distribuidor de armamento. A Jake le pedirán que se sirva de los sentimientos de ella para descubrir el paradero de su padre.

Una bomba nuclear en miniatura desaparece de una base militar y el equipo sospecha que el trabajo ha sido realizado desde dentro; más concretamente, creen que un ingeniero perteneciente a una unidad de operaciones especiales está implicado. Así que mandan a Jack de incógnito para que averigue lo ocurrido.

La Agencia Nacional de Seguridad es atacada con un virus informático, lo que obligará a Jake a trabajar en equipo con la persona que menos soporta: DuMont. Además, éste está tramando algo que no tiene nada que ver con los planes.
Por otro lado, Lou ordena a Jake que se vea con un experto, que comenta a Lou que Jake está bastante afectado porque sabe que no podrá vivir una vida normal.