El cuerpo de un marinero es encontrado en el fondo del mar, vestido de balnco y con una espada ceremonial. Su afición a los juegos de rol hace que los investigadores de la Marina rastreen el caso.

En una carretera del Estado de Virginia, el oficial Khalil Sa'id muere mientras conducía su coche después de tragar esmeraldas. Según Ducky, aparentemente estaba tratando de pasarlas de contrabando según llegaba de su puesto como traductor en la Bahía de Guantánamo, en Cuba.
Gibbs, Tony y Kate inician una investigación y llegan a la conclusión de que Paula Cassidy debe estar de alguna manera vinculada a su muerte, ya que trabajó mano a mano con Sa'id en los interrogatorios a presuntos terroristas en Camp Delta.
En la central, Abby analiza las ropas de Sa'id y los objetos del coche en busca de pistas. Abby descubre también que las esmeraldas tenían su origen en Afganistán, un descubrimiento que tiene importantes implicaciones.

Se encuentra un terrible hallazgo en un vertedero de una pequeña ciudad de Virginia Occidental: una pierna tatuada. Los agentes Gibbs, Tony y Kate acuden a la escena para investigar, junto con Ducky, que examina el miembro amputado para obtener pistas médicas. A primera vista, todo lo que Ducky puede averiguar es que la pierna habría sido cortada de un cuerpo vivo hace menos de 24 horas. Pero, utilizando rayos X, llega a la conclusión de que el talón contiene un tobillo de titanio que puede llevarles hasta el doctor que lo implantó.
Abby trata de obtener las huellas dactilares del miembro y halla la semilla de un árbol en el calcetín de la víctima. Cuando Gibbs encuentra al doctor que implantó el tobillo de titanio, identifica al paciente como Thomas Dorn, que según los archivos del Ejército murió hace dos años de un infarto.
El equipo de investigadores descubre que el certificado de defunción fue firmado por una doctora del pequeño pueblo de Virgina Harmony, que no se realizó autopsia alguna al cadáver, pese a lo joven que era la víctima para haber sufrido un infarto, por lo que así que Gibbs envía a Tony y a Kate para interrogarla.

En mitad de la noche, Ducky y Gerald son avisados de que hay trabajo urgente. Cuando llegan al laboratorio y se disponen a inspeccionar el cadáver, entra en la habitación un hombre armado que los retiene como rehenes. Cuando Gibs acude, se da cuenta que el secuestrador es el terrorista Ari. Todo el equipo deberá trabajar duro para que nadie salga herido de esta terrible experiencia.

Un oficial muere durante un entrenamiento y el comandante Michael Raineier no deja de insistir en que ha sido un desafortunado accidente. Cuando el equipo de NCIS acude a la escena, descubre que el material que el joven y su compañero usaban era de aluminio, mientras el del resto de compañeros era de acero.