Clark Kent llega desde el planeta Krypton durante una lluvia de meteoritos y crece junto a sus padres adoptivos, Jonathan y Martha, en Smallville. Sus mejores amigos y compañeros de clase son Pete Ross, Chloe Sullivan y Lana Lang, una popular animadora que no sabe que Clark está enamorado de ella. Clark hace también amistad con Lex Luthor tras salvarle la vida, pero las cosas se ponen difíciles cuando Jeremy Creek, que ha pasado doce años en coma a causa de la lluvia de meteoros que trajo a Clark a la Tierra, vuelve a la vida con extraños poderes causados por una gran descarga eléctrica.

Clark descubre y empieza a probar su visión de rayos x, siendo primero testigo de cómo su amigo Lex roba un banco y, después, descubriendo a una chica con una interesante habilidad para cambiar de forma que parece que pretende atacar a Lana.

La identidad secreta de Clark está en peligro cuando Sam Phelan, un policía corrupto, le ve usando sus poderes y le obliga a colaborar con él. Cuando Clark le traiciona, no está preparado para las consecuencias que su acción tendrá sobre él y su familia. Mientras, Lex recibe una sugerente oferta de su ex novia.

Clark y Lex ven cómo unos ladrones que parecen poder caminar a través de los muros roban la mansión Luthor. La curiosidad inicial de Lex se transforma en desesperación cuando los invasores roban pruebas de su proyecto secreto. Clark comienza entonces a pensar que tal vez su padre tenía razón cuando le avisó de que no se fiara demasiado de su amigo.

Clark debe detener a un joven infectado con kriptonita que busca aliviar el sufrimiento de los ancianos y enfermos convirtiéndolos en cenizas. El padre enfermo de Whitney puede ser su próxima víctima.

Mientras un gigantesco tornado se dirige hacia Smallville, Clark está al borde de descubrir la conexión con sus orígenes cuando encuentra la pieza que falta de la nave y comprueba que funciona.