Durante una rutinaria inmersión submarina, la oceanógrafa Laura Daughtery, californiana, madre soltera y entregada a su profesión, la cual desempeña con su pequeño submarino, descubre una especie desconocida de criaturas que habitan en el fondo del mar, destapando una operación gubernamental encubierta y dirigida por el científico Dr. Alexander Cirko.
Mientras, un pescador de Louisiana llamado Richard Beck pierde a su hermano en un sospechoso accidente bajo el agua y un chico del Norte de Carolina, Miles, encuentra mientras navegaba a altas horas de la madrugada un pájaro atrapado por una tonelada de extraños huevos. El chico, fascinado por lo que ha encontrado, decide agarrar uno de los huevos para llevárselo a casa y meterlo en la pecera de sus padres.
Desde el Antártico al Golfo de Méjico pasando por San Diego o Monterrey, existe algo acechando en el agua.

Miles y Phil, buenos amigos y guardianes de Nimrod, son interrogados por los oficiales del Control de Animales cuando denuncian la desaparición del perro de un vecino. Laura y Richard continúan haciendo un seguimiento de especies no identificadas con un GPS, hasta que toda la energía de la ciudad se difumina y los datos digitales se pierden. Por otra parte, Cirko y Lee, que han estado siguiendo a escondidas a Laura, le proponen que se una a su investigación.

Laura y Rich prosiguen su carrera a contrarreloj dentro del submarino, cuando se dan cuenta de que el océano está plagado de huevos de esas criaturas sin identificar. Mientras, Miles escucha que una criatura ha atacado a dos trabajadores de la red eléctrica en un muelle, y sospecha que Nimrod puede tener algo que ver.