Naruto, tras dos años y medio de duro entrenamiento con Jiraiya, regresa a Konoha y se reencuentra con sus viejos amigos. Naruto y sus amigos ya son adolescentes y, como ellos, sus poderes también han crecido. Además, Naruto piensa que tiene nuevas pistas sobre el paradero de su mejor amigo Sasuke, y decide salir en su búsqueda acompañado de Sai, un nuevo amigo que tiene la habilidad de traer a la vida todo lo que dibuja. Cuando lo encuentran, Sasuke está completamente cambiado por su relación con Orochimaru.
